La conducción y administración de la Mesa de Trigo está a cargo de una Comisión integrada por un representante de cada institución participante. Este órgano, con un carácter tanto técnico como político, establece reuniones bimestrales para analizar la cadena de valor del trigo e identificar sus principales restricciones.
Una vez detectadas estas limitaciones, la Comisión trabaja en su resolución, generalmente a través de la formación de Grupos Técnicos de Trabajo. Estos grupos se encargan de gestionar fuentes de financiamiento y presentar proyectos a distintos fondos para abordar los desafíos identificados.
Hasta el momento, han operado grupos en las siguientes áreas: Postcosecha, Mejoramiento Genético y Manejo Agronómico, Fusarium y Calidad Industrial. Estos grupos cuentan con una integración abierta, permitiendo la participación de nuevas instituciones, organizaciones y empresas que contribuyen con sus conocimientos y recursos.