La conducción y administración de la Mesa de Trigo está a cargo de una Comisión integrada por un representante de cada institución participante. Este órgano, con un carácter tanto técnico como político, establece reuniones bimestrales para analizar la cadena de valor del trigo e identificar sus principales restricciones.

Una vez detectadas estas limitaciones, la Comisión trabaja en su resolución, generalmente a través de la formación de Grupos Técnicos de Trabajo que se encargan de gestionar las soluciones. Cuando la situación así lo amerita, los grupos buscan fuentes de financiamiento y presentan proyectos a distintos fondos para abordar los desafíos identificados.

Hasta el momento, han operado en las siguientes áreas: Postcosecha, Mejoramiento Genético y Manejo Agronómico, Fusarium y Calidad Industrial y son de integración abierta, permitiendo la participación de nuevas instituciones, organizaciones y empresas que contribuyen con sus conocimientos y recursos.

La Mesa tiene una Secretaría Técnica que se encarga de planificar y coordinar las actividades.